Het heffen van belastingen geldt als één van de meest kenmerkende bevoegdheden die aan de Polders en de Wateringen door de wet zijn toegekend. Ze zijn echter slechts te rechtvaardigen voor zover zij worden aangewend om de noodzakelijke werken te bekostigen.

Een aantal besturen maakt geen gebruik van deze bevoegdheid, omdat zij voldoende inkomsten kunnen realiseren door bijvoorbeeld de verpachting van gronden, de verhuring van hun rechten van jacht- en visvangst, de levering van overtollig oppervlaktewater aan drinkwatermaatschappijen als grondstof voor drinkwater. Het is overigens, en onder meer, in deze laatste context dat besturen van Polders en Wateringen actief willen meewerken aan de kwaliteitszorg over de oppervlaktewaters in Vlaanderen, om zodoende te kunnen bijdragen tot de drinkwatervoorziening.

De polder- en wateringbelastingen behoren tot de categorie van de directe belastingen. Ze worden geheven op alle percelen binnen de gebiedsomschrijving. De aanslagvoet wordt vastgesteld per oppervlakte-eenheid. In de praktijk varieert deze tussen de 3 euro en de 25 euro per hectare.

Gezien het algemeen belang dat al de ingelanden hebben bij een goede waterhuishouding innen de meeste polders en wateringen een minimumbelasting van ongeveer 5€. per belastingsplichtige. Een aanslag van bijvoorbeeld 10€ per hectare zou, zonder minimumaanslag, voor een normaal bouwperceel van 500 m 2 een belasting van slechts 0,5€ opleveren hetgeen zeker niet in verhouding staat tot het belang dat een ingelande heeft bij een goede waterhuishouding. Ook zouden de kosten van inning en inkohiering de baten ver overtreffen.

Hoewel de uitgestrektheid van de grond de voornaamste maatstaf is voor de heffing van de Polderbelastingen, bestaat de mogelijkheid toch -maar dit geldt enkel voor de Polders - om een afzonderlijk belastingsregime in te stellen voor de gebouwen. Dit kan echter slechts binnen strikte voorwaarden, en in de praktijk is geen enkel voorbeeld bekend van een bestuur dat dit systeem toepast. Ook de zogenaamde differentiële schaal, waarbij het gebied van de Polder of de Watering in verscheidene categorieën wordt ingedeeld en in elke zone een afzonderlijke belastingsvoet geldt, wordt maar zelden toegepast.

Elk jaar wordt een belastingskohier vastgesteld. Het bevat de namen van alle belastingplichtigen met vermelding van de belastbare oppervlakte van hun percelen en het bedrag van de te betalen belasting. Nadat de Bestendige Deputatie de belastingsrol uitvoerbaar heeft verklaard, bekomt het bestuur een wettelijke schuldvordering tegenover alle personen die in het kohier zijn ingeschreven. De Ontvanger-griffier is er dan toe gehouden de geschotten te innen. Hij bezit voor de invordering en vervolging dezelfde prerogatieven als de rijksontvanger bezit voor de inning van de belastingen ten behoeve van de Staat. Tegenover onwillige belastingplichtigen heeft het bestuur bovendien een algemeen voorrecht op al hun roerende goederen en een wettelijke hypotheek op de onroerende goederen die binnen de ambtsomschrijving zijn gelegen.