Het "primair" toezicht berust bij het provinciebestuur met de Provinciegouverneur en de Bestendige Deputatie als toezichthoudende overheden. De voogdij wordt uitgeoefend door het al dan niet verlenen van goedkeuring of machtiging aan welbepaalde beslissingen die de Polders en de Wateringen binnen hun bevoegdheidssfeer treffen, zo onder meer aan:
- de vaststelling van begrotingen en rekeningen;
- de vaststelling van de belastingen; -geldleningen;
- vervreemdingen van onroerende goederen;
- huurovereenkomsten;
- de gunning van werken en leveringen overeenkomstig de wetgeving op de overheidsopdrachten;
- conventies tussen besturen onderling inzake afwatering;
- het optreden in rechte, -enz.,...
Gezien de Polders en de Wateringen tot de zogenaamde geregionaliseerde materie behoren, wordt het hoger toezicht, sedert het in voege treden van de wetten op de staatshervorming, uitgeoefend door de Vlaamse Executieve. Het gaat hier om een uitgebreide reeks van voogdijbeslissingen, soms voorafgegaan door een advies van de Bestendige Deputatie, die de Polders en de Wateringen in hun fundamenteel bestaan raken, zoals onder meer:
- de omlijning van de uitgestrektheid van de aan de polderwetgeving onderworpen zones;
- de oprichting, afschaffing en wijziging in de begrenzing van Polders en Wateringen;
- de goedkeuring van het Huishoudelijk Reglement en van het Bijzonder Politiereglement, alsook de wijzigingen daaraan;
- de verenigingsovereenkomsten tussen besturen en de reglementen ad hoc;
- de aanwijzing van ambtenaren uit bepaalde ministeries die als waarnemers op de Algemene Vergadering en de Schouwingen moeten worden uitgenodigd;
- enz.,...
Het zijn allemaal handelingen van zogenaamde bijzondere voogdij, t.t.z. de voogdijoverheid kan slechts optreden in specifieke, door de wet bepaalde, gevallen. Het is pas nadat een bestuursdaad is gesteld dat het voogdijmechanisme in werking treedt. Daarnaast hebben zowel de Provinciegouverneur als de Vlaamse Executieve de bevoegdheid om de beslissingen van de Algemene Vergadering te vernietigen (algemene voogdij). Het gaat hier dan uitsluitend om beslissingen die niet onder de regeling van de bijzondere voogdij vallen, maar strijdig zijn met de wet of nadelig zijn voor de algemene belangen.
Er bestaat ook een vrij uitgebreid systeem van ambtshalve uit te voeren werken, met name in de gevallen waarbij een Polder of Watering nalatig gebleven is inzake het regelmatig onderhoud van het waterlopenstelsel, waardoor de belangen van de polder- of wateringgemeenschap in het gedrang worden gebracht. De Bestendige Deputatie kan dan, na het bestuur in zijn verdediging te hebben gehoord, de uitvoering van de werken bevelen en de terugbetaling van de kosten verhalen op het nalatig bestuur. Deze procedure wordt slechts bij hoge uitzondering toegepast.
